El 25 de mayo de 1988, ETA asesina a su hermano, Sebastián Aizpiri, propietario de un restaurante en Eibar. Años más tarde, Ana sufre la difamación y las calumnias de el entorno radical.

En 2001, la policía le informa de que se ha encontrado información sobre él entre la documentación incautada a un comando de ETA detenido en Eibar. Llevaban tiempo siguiendo sus movimientos. La policía le aconseja dejar de vivir en Eibar. Se traslada, con su familia, a vivir a San Sebastián.

En agosto del año 2000 la Ertzaintza encuentra información sobre él y su domicilio entre la documentación incautada al comando Bizkaia de ETA. La Ertzaintza le asigna protección inmediatamente. El 7 de noviembre de 2001 ETA asesina a su compañero José María Lidón. Desde entonces no ha podido prescindir de la escolta policial.